一、股權轉讓稅額計算
股權轉讓的應納稅所得額，以股權轉讓價減除股權計稅成本和轉讓過程中的相關稅費后的余額為應納稅所得額。股權計稅成本是指自然人股東投資入股時向企業實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓金額。自然人股權轉讓應納的個人所得稅按照“財產轉讓所得”項目繳稅，適用20%的比例稅率。
股權轉讓應納稅所得額=股權轉讓價-股權計稅成本-與股權轉讓相關的印花稅等稅費。
股權轉讓所得應納個人所得稅額=股權轉讓應納稅所得額乘20%。
自然人股東部分轉讓所持有股權的，轉讓股權的計稅成本按轉讓比例確定。
轉讓股權的計稅成本=全部股權的計稅成本乘轉讓比例。
二、應納稅所得額的核定
自然人股東申報的股權轉讓價格有下列情形之一，屬明顯偏低又無正當理由的，主管地方稅務機關應當依法按照總局文件有關規定，核定其應納稅所得額：
(一)股權轉讓價低于初始投資成本或取得該股權所支付的價款的;
(二)股權轉讓價低于同一投資企業其他股東同時或大約同時相同或類似條件下股權轉讓價的;
(三)股權轉讓收益率低于同期銀行存款利率的;
(四)股權轉讓所得低于最近一期股利分配所得的;
(五)股權轉讓時投資企業留存收益為正數，股權轉讓價中沒有包含該自然人股東所應享有的份額的，或轉讓價低于自然人股東應享有的所投資企業所有者權益份額的;
(六)主管地方稅務機關依法認定的其他情形。
三、納稅調整
主管地方稅務機關對應核定應納稅所得額的情況，要全面正確計算股權轉讓價格和股權計稅成本，應考慮以下因素：一是“資本公積”、“未分配利潤”、“盈余公積”累計結余情況，對于應分配未分配的所有者權益應考慮其對價格的影響;二是債權債務清償情況，如：應收賬款、應付賬款、長期借款和長期投資等;三是資產、存貨的增值和減值等情況;四是股權計稅成本的真實性。按照稅收政策，根據企業財務狀況對其股權轉讓價格進行納稅調整，該調增的調增，該調減的調減，填制股權轉讓納稅調整表，經主管領導審批后，調整納稅行為。股權轉讓納稅調整表由各市局自定。
四、對無償轉讓股權行為的管理
一是對于繼承、遺產處分、直系親屬之間無償贈予股權的情況，對當事雙方不征收個人所得稅。納稅人需要提供公證機構出具的贈與人和受贈人親屬關系的公證書、撫養關系或贍養關系公證書(或鄉鎮政府或街道辦事處出具的撫養關系或贍養關系證明)、《繼承公證書》等相關證明，并填寫提交《個人股東變動情況報告表》，稅務部門應認真審核并留存復印件。
二是主管地方稅務機關應深入調查無償轉讓股權的真實性，做好后續管理工作，發現有問題的，應核定其轉讓價格，依法補征個人所得稅，并依法進行處罰。
三是對于無償贈與再轉讓的股權，以股權轉讓收入減除受贈、轉讓股權過程中繳納的稅金及有關合理費用后的余額為應納稅所得額，按20%的適用稅率計算繳納個人所得稅。
直系親屬主要是指配偶、父母、子女、養父母、養子女、繼父母、繼子女、兄弟姐妹、岳父母、祖父母、外祖父母及其他近親屬。遺產處分是指股權所有人死亡，依法取得股權的法定繼承人、遺囑繼承人或者受遺贈人。
對于其他情形的自然人股東將股權無償贈與他人的，受贈人因無償受贈股權取得的受贈所得，按照“財產轉讓所得”項目繳納個人所得稅，稅率為20%。
